Após um acordo extrajudicial, a Gol pagará R$ 4 milhões a uma comunidade indígena pelos transtornos causados pela queda do voo 1907, há dez anos, no meio da floresta amazônica. O acordo foi fechado após diversas reuniões entre a empresa, representantes da comunidade indígena, o Ministério Público Federal do Mato Grosso (estado onde ocorreu a queda) e a Funai (Fundação Nacional do Índio).
Segundo a alegação da comunidade indígena, a permanência dos destroços do voo que matou 154 pessoas em 2006, inviabiliza o uso de uma grande porção de terra dentro de uma reserva indígena. De acordo com as crenças do povo caiapó, as mortes ocorridas naquele local não permitem o uso da terra para caça, pesca e habitação.
Desde o início das negociações, a comunidade indígena pediu a indenização no valor de R$ 4 milhões. Segundo o Ministério Público Federal, a Gol decidiu pagar todo o valor. Representantes caiapós deverão prestar contas da utilização dos recursos em benefício de toda a comunidade indígena do local afetado. A Gol não comenta a negociação.
No dia 29 de setembro de 2006, um Boeing 737 da Gol colidiu em pleno voo com um jato executivo, modelo Legacy 600 sobre os céus da Amazônia. A investigação da Aeronáutica concluiu que os dois voavam na mesma altitude devido a uma série de falhas de procedimentos dos pilotos do Legacy e dos controladores de voo de Brasília.